Cua nhện Nhật Bản được mô tả lần đầu tiên vào năm 1836 bởi Coenraad Jacob Temminck dưới cái tên Maja kaempferi, dựa theo các ghi chép của Philipp Franz von Siebold tại đảo nhân tạo Dejima.[14] Tên khoa học mà Temminck đặt ra có mục đích nhằm vinh danh Engelbert Kaempfer, một nhà tự nhiên học Đức của thế kỷ 17, tác giả quyển sách Fauna Japonica có nội dung mô tả lịch sử tự nhiên của Nhật Bản.[15]

Năm 1839 Wilhem de Haan đưa nó vào một phân chi mới của chi Inachus mang tên là Macrocheira. Đến năm 1886 Edward J. Miers chuyển đổi Macrocheira thành một chi riêng.[1] Hiện nay cua nhện Nhật Bản được xếp vào họ Inachidae nhưng dường như nó không hoàn toàn phù hợp với họ này và có thể cần phải tạo một họ mới (Macrocheira) cho nó.[1] Ngoài M. kaempferi hiện đang tồn tại, chi Macrocheira có thêm 4 loài nữa nhưng chỉ được biết qua hóa thạch.[16]